La prima minaccia che grava sulle popolazioni di Anfibi è la scomparsa o la forte compromissione degli habitat riproduttivi. Questi bellissimi e preziosi ambienti, detti anche zone umide 'minori' (pozze, stagni, acquitrini, piccoli laghetti, etc.), hanno sempre fatto parte del nostro paesaggio. Infatti anche nelle zone di campagna fortemente coltivate venivano sempre mantenute riserve d'acqua a cielo aperto, trasformate talvolta in abbeveratoi o lavatoi, che hanno permesso agli Anfibi di riprodursi per secoli vicino all'uomo. Dalla metà del secolo scorso però, in seguito alle grandi trasformazioni socio-economiche (in particolare all'abbandono della campagna e al cambiamento delle pratiche agricole, divenute sempre più intensive), questi piccoli ambienti umidi sono divenuti via via più rari e meno funzionali e spesso si sono persi del tutto in vaste aree.
La scomparsa è avvenuta nella maggior parte dei casi per distruzione diretta (in genere per interramento) mentre la compromissione di questi ambienti, e quindi la loro scarsa o nulla funzionalità per gli Anfibi, può essere attribuita alle seguenti cause:

1. la derivazione delle acque a monte dei piccoli invasi o anche la captazione diretta in loco, dannosa in particolare durante i periodi riproduttivi delle specie (che si svolgono in genere da febbraio a giugno);
2. l'asportazione durante questi stessi periodi della vegetazione acquatica, indispensabile come supporto per attaccarvi le uova e come rifugio per le larve;
3. l'inquinamento delle acque;
4. l'immissione di ittiofauna, che costituisce una minaccia gravissima in questi ambiti. I Pesci infatti sono formidabili predatori acquatici che però, senza il continuo rilascio da parte dell'uomo, non sarebbero mai presenti nelle zone umide minori perché queste per loro natura sono soggette a possibile disseccamento durante le annate con i periodi estivi più torridi. La maggior parte delle specie di Anfibi si mostra invece perfettamente adattata a questi ambienti con carattere di allagamento stagionale e infatti all'inizio del periodo estivo generalmente si è già compiuta la fase acquatica del ciclo riproduttivo e gli individui si sono già allontanati dall'acqua. Nel corso dell'evoluzione la maggior parte delle specie di Anfibi si è infatti specializzata proprio per utilizzare questo tipo di habitat dove non sono presenti i Pesci e quindi non ha avuto necessità di sviluppare particolari tecniche di difesa verso questi ultimi. L'immissione di ittiofauna in una zona umida minore, anche quando operata nella infondata convinzione di 'aiutare la natura' o dare 'un po' di vita' ad un dato stagno o laghetto, si risolve dunque sempre in una delle forme peggiori di compromissione di questi habitat che risultano così non più capaci di sostenere molte specie faunistiche tipiche fra cui appunto quasi tutti gli Anfibi.

Danni simili avvengono anche nell'ambito dei piccoli torrenti di montagna dove l'immissione sconsiderata di Pesci da parte dell'uomo è causa nota di scomparsa di numerose popolazioni di Anfibi.